Премьера состоялась 16 декабря 1948.

Возобновление – 1 декабря 2011.
Взяться за пушкинского «Бориса Годунова» Мусоргскому порекомендовал его друг, историк Владимир Никольский. Композитора чрезвычайно увлекла эта задача. В своем произведении он сосредоточился на двух линиях: трагедии народа и «трагедии совести» царя Бориса. «Я разумею народ как великую личность, одушевленную единою идеею: это моя задача. Я попытался разрешить её в опере», – с таким авторским комментарием был издан клавир оперы в 1874 году.

Композитор сам написал либретто, причем использовал не только текст трагедии Пушкина, но и другие материалы: «Историю государства Российского» Карамзина, исторические документы. Работа шла быстро, на большом подъеме: Мусоргский приступил к сочинению музыки в октябре 1868 года, через полтора месяца уже был готов первый акт, а в мае 1869-го – весь клавир целиком. Отдельные сцены исполнялись в кругу друзей. «Радость, восхищение, любование были всеобщими», – вспоминал позже Владимир Стасов, вдохновитель и идеолог «Могучей кучки». К декабрю была полностью закончена инструментовка. Летом 1870 года «Борис Годунов» был представлен на рассмотрение Дирекции императорских театров. Опера была отклонена – предлогом послужило отсутствие значимой женской партии. Композитор внес ряд изменений, добавил польский акт и сцену под Кромами.

Вторая редакция была закончена весной 1872 года. Однако она также не была принята к постановке. Не дожидаясь благосклонного решения Дирекции, группа ведущих артистов под руководством самого композитора начала втайне разучивать партии. В 1873 году состоялось первое исполнение на публике трех картин многострадальной оперы. Они были даны в бенефис режиссера Кондратьева. А 27 января 1874 года в Мариинском театре наконец прошла полноценная премьера, успех которой превзошел все ожидания. Вмешательство цензуры в судьбу оперы сильно осложнило жизнь потенциальным постановщикам. Ведь с 1872 года существовало практически два «самостоятельных» «Бориса»: две авторские версии, не очень легко «монтирующиеся» друг с другом.

В 1896 году свою редакцию оперы предложил Николай Римский-Корсаков, но «вопрос» не закрыл, как оказалось, в том числе и для себя. В 1908 году по просьбе Дягилева, намеревавшегося познакомить с этой оперой парижскую публику, он сделал еще один вариант. В 1927 году музыковедом Павлом Ламмом была подготовлена сводная авторская редакция оперы. В 1940 году свою редакцию осуществил Дмитрий Шостакович. В Большом театре «Борис Годунов» традиционно шел в редакции Римского-Корсакова. К ней была добавлена сцена «У Василия Блаженного» в инструментовке Михаила Ипполитова-Иванова. Впервые она была показана именно в Большом театре в 1927 году. «Борису Годунову» на долгие годы было суждено было стать самой популярной русской оперой на Западе, выразительницей духа русского народа.

Мировую славу произведению принес Федор Шаляпин, непревзойденный исполнитель заглавной партии. Впервые «Борис Годунов» был поставлен в Большом театре в 1888 году, но быстро сошел со сцены. Второй раз опера появилась в репертуаре в 1901-м, как раз в связи с переходом в труппу Шаляпина. (Партию Самозванца в этом спектакле пел выдающийся тенор Большого Леонид Собинов.) 

Практически в своем нынешнем виде «Борис Годунов» был поставлен в 1946 году, отсутствовала лишь сцена «Под Кромами». В 1948 году она была включена в спектакль, который тогда и обрел свой нынешний вид. В 2007 году Большой показал постановку, опиравшуюся на вторую авторскую редакцию (дирижер – Александр Ведерников, режиссер – Александр Сокуров). В 2011 году, открыв после реконструкции Историческую сцену, театр вновь обратился к своей славной истории и вернул знаменитую постановку 1948 года.